La investigación sobre la CNV, iniciada en 2010, encontró que durante la dictadura funcionó como una central de inteligencia para perseguir empresarios. Algunas víctimas declararon que Etchebarne estaba presente en los interrogatorios.
La Cámara Federal de Casación Penal declaró “inadmisible” un pedido del ex presidente de la Comisión Nacional de Valores (CNV) durante la última dictadura cívico-militar y confirmó el rechazo a su excarcelación por lo que seguirá detenido. Amigo íntimo de Alfredo Martínez de Hoz, en la última dictadura cívico-militar Juan Alfredo Etchebarne fue procesado en julio por el juez federal Daniel Rafecas en el marco de la investigación del secuestro y los tormentos a un grupo de 28 personas, ocurridos en septiembre de 1978. Todas estaban vinculadas a la compra del Banco de Hurlingham, que había sido de los Graiver y fue adquirido por el grupo Chavanne e Industrias Siderúrgicas Grassi.
En abril de este año Etchebarne fue detenido por orden del juez federal y llevado a la Unidad Penal de Marcos Paz. En julio fue procesado y después, tras un pedido de excarcelación rechazado, presentó un recurso de casación que debió resolver la sala IV de la Cámara Federal de Casación Penal. El 17 de septiembre la sala declaró como “mal concedido” el recurso que la defensa de Etchebarne había presentado ante el rechazo del pedido de excarcelación.
Entonces la defensa presentó un recurso extraordinario, para que sea la Corte Suprema la que resuelva su excarcelación. Sin embargo, los jueces Mariano Borinsky, Juan Carlos Geminiani y Gustavo Hornos, declararon “inadmisible” la presentación ya que “no se trata de sentencia definitiva ni equiparable a tal”. Por lo que confirmaron la decisión de rechazar la excarcelación y Etchebarne seguirá detenido.
Cuando Rafecas procesó al ex presidente de la CNV, hizo lo mismo con Raúl Guglielminetti, ex agente civil de inteligencia del Ejército; el ex coronel Francisco D´Alessandri y el comandante de Gendarmería Víctor Enrique Rei. Todos quedaron procesados por “los secuestros y el sometimiento a torturas de 28 personas, ocurridos entre septiembre y diciembre de 1978, quienes fueron trasladadas al centro clandestino de detención y tortura que funcionó en la Prisión Militar de Campo de Mayo, que dependía del general Carlos Suárez Mason", quien murió en 2005.
“La existencia de una clara persecución a grupos económicos determinados, concretada a partir de la coordinación de la actividad de las autoridades militares y la Comisión Nacional de Valores”, dice el texto del procesamiento firmado por Rafecas. La investigación sobre la CNV empezó en el 2010 y encontró que había funcionado como una central de inteligencia para perseguir empresarios. Algunas víctimas declararon que Etchebarne estaba presente en los interrogatorios. “En una ocasión lo introdujeron atado y vendado en el baúl de un automóvil, y lo tuvieron dando vueltas todo el día… en ese interrogatorio, también reconoció la voz de Etchebarne” contó un sobreviviente.